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検察官は訴追機関であると同時に、あらゆる犯罪を捜査する権限も有する（実際には補充的な捜査にとどまることが多い）ことから、他の捜査機関（一般司法警察職員・特別司法警察職員）との関係が問題となる。
戦前、検察官は捜査を主宰するとされ、強力な指揮権限が認められていた。もっとも、指揮に反した場合でも、警察は内務省管轄であったため、内務省警保局の管理権と検事の指揮が反した場合は、その指揮を貫くのは難しかったとされる。戦後は原則としていずれも対等・独立の協力関係であるとしつつ、公訴提起・公判維持の観点から検察官に一定の指揮権限を与えている。
具体的には、検察官は警察官等に対して、一般的指示権、一般的指揮権、具体的指揮権を有するほか、正当な理由がなくこれらの検察官の指揮に従わない場合、検事総長、検事長、検事正は従わない司法警察職員の懲戒の請求を公安委員会に対してすることができる。検察官自身には懲戒権限はない。懲戒の請求自体が重大問題であることから、この請求権者は検事総長、検事長、検事正に限られており、また、むやみに請求を行うことは公務員職権濫用罪にも問われる可能性があり、現在まで一度も請求がなされたことはない。
検事総長、検事長又は検事正自身には懲戒権限はないため、この正当性の判断や必要性等は国家公安委員会が独自に判断する事となっている。公安委員会の管理権と検察官の指揮権が相反する場合にどちらが優先されるかが問題となるが、あくまでも正当性の判断主体は公安委員会であるため、公安委員会の管理権が優先されると解されている。
これは司法警察活動（犯罪の捜査）に関してのものであり、行政警察活動（犯罪の予防・鎮圧等）に関しては戦前、戦後ともに検察官の権限はなく、当然指揮の問題も発生しない。
検事総長を務めた伊藤栄樹氏（故人）は、自著『秋霜烈日』（朝日新聞社）で検察と警察との関係に触れ、「検察は、警察に勝てるか。どうも必ず勝てるとはいえなさそうだ」としている。

原則として公訴権を検察官のみに付与し、広い裁量を認めていることから、権限濫用の危険性がある。起訴が行われなかった場合には検察審査会が一応のチェック機能をはたすことが期待されている。しかし、起訴が行われた場合に権限濫用の有無を判断する制度的な担保は存在していないことから、これら不当な起訴を行った場合には「公訴権の濫用」として公訴は棄却されるべきであるとする説が有力に唱えられた。
最高裁は、原審が検察官の公訴権濫用を認定し公訴を棄却した事件の上告審において、検察官の裁量権の逸脱が公訴の提起を無効とすることはありえるが、それは公訴提起自体が犯罪行為を構成するなどの限定的な場合に限られるとして極めて限定的な解釈を示した上で、検察官の上告を棄却し公訴棄却の原審判決を維持するという判示を行っている。

検察官はそれぞれが検察権を行使する独任官庁であるが、検察官は刑事裁判における訴追官として審級を通じた意思統一が必要であることから、検察官は検事総長を頂点とした指揮命令系統に服する（検察官同一体の原則）。
検察官は、例外を除き起訴権限を独占する（国家訴追主義）という極めて強大な権限を有し、刑事司法に大きな影響を及ぼしているため、政治的な圧力を不当に受けないように、ある程度の独立性が認められている。端的なものが法務大臣による指揮権の制限である。
検察庁は行政機関であり、国家公務員法の規定に基づき、その最高の長である法務大臣は、当然に各検察官に対して指揮命令ができるのであるが、この指揮権については検察庁法により「検察官の事務に関し、検察官を一般に指揮監督することができる。但し、個々の事件の取調又は処分については、検事総長のみを指揮することができる。」として、具体的事案については検事総長を通じてのみ指揮ができるとした。
法務大臣と検事総長の意見が対立した場合、かつては法務大臣の指揮に従わないこともあり得る旨を述べた検事総長もいて国会等で国家公務員法違反にあたると問題とされたが、法的には「法務大臣の職務命令に重大かつ明白な瑕疵がない限り違法なものでも服従する義務がある」とされ、個々の事件についても検事総長を通じて各検察官に対して間接的に法務大臣の指揮命令が及ぶことになる。その結果是非については、指揮権を発動した際の国民世論が決定することとなり、政治責任の問題である。
法務大臣の指揮権は民主主義的な支持基盤を持たない行政機関である検察が独善的な行動をとらないよう掣肘する目的も有しており、法務大臣の人事権とあわせて民主主義的な行政機関のコントロールを意味している。
この指揮権は、1954年4月21日、吉田内閣の法務大臣犬養健が造船疑獄に際して当時の自由党幹事長佐藤栄作の逮捕を通常国会の会期終了まで延期せしめた例が存在（注：会期終了後その指示は解除されたが逮捕は見送りとなった）し、それ以後発動されたことはない。本来、政から官への民主主義的なチェックシステムだった指揮権発動が佐藤など一部の吉田茂系の政治家を救うためまったく正反対の趣旨で発動されてしまい、制度の政治的正当性が失われてしまった。以後、指揮権発動はおろか政治が検察に対して関心を持つことすらタブーとなってしまったといわれている[4]。
犬養は、後に、『文藝春秋』1960年5月号に、「指揮権発動により法務・検察幹部を軒並み引責辞任させ、意中の男を検事総長に据えようという某政治家と検察幹部の思惑があった」とする手記を寄せている。
造船疑獄での指揮権発動以降、大臣と検事総長の間には常に緊張感が漂っているといわれていて、ある検事総長経験者は、もし、指揮権が発動されたら指揮には従わず、辞表を出す覚悟だったと証言している。
元検察幹部は、指揮権発動があるとすれば大臣との間に「誤解」が生じてしまっているということ、双方の立場をわきまえた上で大臣に極力情報を上げるようにすることが、造船疑獄以降、組織が得てきた教訓だと思うと述べている。

検察官は裁判官や弁護士と同様、原則として、法科大学院課程を修了し新司法試験に合格した者、もしくは旧司法試験に合格した者で、最高裁判所司法研修所における修習（司法修習）を終えた者が検事として採用され、この者が検察官となる。
この他に検察事務官や、警察官や皇宮護衛官、海上保安官、自衛隊警務官等を一定年数経験した者が、考試を経て採用される副検事等から、更に考試を経て検事となり検察官となる者（特任）や、3年以上法律学を研究する大学院が設置されている大学における法律学の教授・准教授であった者などから採用されることもある。
副検事が考試を経て検事になった後、弁護士となるには、考試を経た後に検察官（副検事を除く）の職にあった期間が、通算して5年以上になることが必要である（弁護士法5条3項）。
なお、法曹一元制をとっているアメリカでは、検察官は国や州に雇用された弁護士（lawyer）の一種という位置づけである。

検察庁法に基づく職階制上の官名としては検事総長、次長検事、検事長、検事、副検事が、職名としては検事正、上席検察官があるが、単独の「検察官」という表記はこれらの総称であり、あるいは訴訟法上の地位であって官名・職名ではないため、辞令等での表記に「検察官」は用いられない。ただし、検察官も「（旧）刑訴規則五六条二項にいわゆる官名と解することができる」とした判例がある。これに対し「検事」は身分を指す。

旧憲法下の官吏区分呼称であった勅任官・奏任官・判任官の名残で、検察庁の官吏には一級・二級・三級（算用数字でなく漢数字で表記）の別があり、検事長以上は一級、検事は一級又は二級、副検事は二級となっている。各自に発せられる辞令に「検事一級」、「副検事二級」のように記載される。かつては、「一級に叙する」又は「二級に叙する」と叙級発令の形式であった。また、検察官以外の検察庁の官僚にも同様の区別があり、検事総長秘書官は二級、検察事務官は二級又は三級、検察技官は二級又は三級とすることとなっている。これらの級の区分はいずれも検察庁法に定められている。

最高検察庁の検事総長（国務大臣級待遇）・次長検事（大臣政務官級待遇）、各高等検察庁の検事長（準副大臣・大臣政務官級待遇）は認証官とされ、その内閣による任免は天皇から認証される。

事件処理に必要な検察官が足りないとの理由から、法務大臣は区検察庁の検察事務官のうち一定の者にその庁の検察官の事務を取り扱わせており（検察庁法附則36条）、このような検察事務官を検察官事務取扱検察事務官という。

法務省設置法附則4項は、「当分の間、特に必要があるときは、法務省の職員（検察庁の職員を除く。）のうち、百三十三人は、検事をもってこれに充てることができる。」と定めている。この規定に基づき、法務省の要職（官房長・局長レベルを含む）は検事（裁判所から出向した裁判官出身者が検事に任命された上で行われる場合もある）が、検事としての官職を保持したまま兼任、併任（ともに法務事務官の官職に兼ねて任命される）又は充て職（法務事務官の官職を兼ねず、検事の官職のみを有したまま法務省の職に就く）の形で占める例が多い（課長などの役職者とならない場合は「局付（きょくづき）検事」と呼ばれる）。ただし、法務事務次官については、検事出身者が、一時的に検事の官職を解かれて就任するのが慣例である。